武夷精舍为南宋淳熙十年(1183)朱熹筹划营建。初建时，有仁智堂、隐求室、石门坞、止宿寮、观善斋、寒栖馆、晚对亭和铁笛亭等建筑。蔡元定、刘爚、黄干、游九言、詹体仁、李闳祖、李方子、叶味道等大儒均受业于此。朱熹在《武夷精舍杂咏诗序》中写道：“四方士友，来者亦甚众，莫不叹其佳胜”。成为武夷山的一大建筑。武夷精舍备受封建统治者的重视，历代都曾加以葺治和增扩。

南宋末，经扩建后改名为紫阳书院，由官府拨公田，以供养学者。随后设置“山长”教职主持教事。

元初“山长”改称为“教授”，书院再次修建。元至正二十五年(1365)，毁于兵燹。

明正统十三年(1448)，朱熹八世孙朱洵、朱澍出资重建，改称“朱文公词”。

清康熙年间，赐“学达性天”的匾额，现存旧祠遗址为清康熙五十六年(1768)闽浙总督觉罗满保“捐俸倡修”。

1992年12月武夷山市人民政府公布为第四批文物保护单位。1999年列入世界文化遗产名录。